Nous avons caractérisé la prévalence, les profils de susceptibilité aux antibiotiques et les génotypes de Staphylococcus aureus parmi les échantillons de viande et de volaille américains, et la résistance multidrogue était fréquente chez les isolats% S génotypes aureus et les profils de résistance différaient significativement entre les types d’échantillons. contamination spécifique aux animaux d’alimentation

Les études réalisées par le Système national de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (NARMS) indiquent que les produits de viande et de volaille vendus au détail sont fréquemment contaminés par des espèces de Campylobacter multirésistantes aux médicaments. , Salmonella, Enterococcus et Escherichia coli , mais on en sait peu sur la prévalence d’autres agents pathogènes résistants aux antibiotiques dans l’approvisionnement alimentaire américain. Staphylococcus aureus est l’une des causes les plus fréquentes d’infections cliniques dans le monde et a attiré l’attention du public. Augmentation de la mortalité associée à la polychimiorésistance Une nouvelle souche multirésistante de S. aureus, ST, est apparue qui colonise principalement les personnes travaillant dans la production d’animaux destinés à l’alimentation. La première découverte en ST représente maintenant une proportion substantielle du SARM aureus résistant à la méthicilline. cas aux Pays-Bas De nombreuses études ont démontré la forte prévalence de S. aureus multirésistante, y compris la ST, parmi les porcs élevés intensivement dans l’Union européenne, au Canada et aux États-Unis , mais peu d’études ont été menées Dans la présente étude, nous avons évalué la prévalence et le profil de susceptibilité aux antibiotiques de S aureus dans des échantillons de viande et de volaille de détail de villes américaines. Nous avons constaté que la contamination par S aureus était fréquente dans les échantillons et que associé à chaque type de viande et de volaille Nous avons également démontré la prévalence de la multirésistance aux médicaments, y compris la résistance aux antibiotiques cliniquement importants tels que la ciprofloxacine, la quinupristine / dalfopristine, la clindamycine, l’érythromycine, l’oxacilline et la daptomycine.

MATÉRIAUX ET MÉTHODES

Méthodes détaillées

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Collecte d’échantillons

Le bœuf haché, les poitrines de poulet, les cuisses, les côtelettes de porc, le sol et la dinde moulue ont été récoltés dans les épiceries de détail des villes américaines: Chicago; Washington DC; Fort Lauderdale; Los Angeles; et Flagstaff

Traitement de l’échantillon

Les échantillons ont été agités pendant une minute dans un ml de bouillon peptoné en%; Puis ml de bouillon inoculé a été mélangé avec mL de bouillon BD Baird Parker X et incubé à ° C pendant – heures Après enrichissement, μL de bouillon a été étalé sur chacune des formulations d’agar Baird Parker et incubé – heures pour la croissance Toutes les formulations d’agar inclus EY tellurite enrichissement BD, et les plaques ont été complétées avec l’un des antibiotiques suivants: vancomycine mg / L, oxacilline mg / L, ciprofloxacine mg / L, tétracycline mg / L, ou gentamicine mg / L

Confirmation bactérienne

Les isolats putatifs ont été confirmés comme S aureus en utilisant un test de réaction en chaîne par polymérase en temps réel ciblant le gène femA Pathogene, LLC

Séquence Multilocus Taper MLST

MLST de S aureus a été réalisée comme décrit ailleurs

Test de sensibilité

Les concentrations minimales inhibitrices ont été déterminées par microdilution TREK Diagnostic Systems, à l’exception du linézolide et du triméthoprime / sulfaméthoxazole, qui ont également été mesurés à l’aide des méthodes Etest bioMérieux Tous les isolats ont été testés pour la résistance à la clindamycine inductible selon les recommandations du Clinical and Laboratory Standards Institute.

Résistance multidrogue

La multirésistance aux médicaments a été signalée en tant qu’intermédiaire isolant résistant à un seul isolat ou complète à plusieurs classes antimicrobiennes uniques ou plus.

RÉSULTATS

Nous avons recueilli et testé un total d’échantillons de viande et de volaille provenant de villes américaines, englobant des marques uniques dans les épiceries. La contamination par S aureus était la plus fréquente parmi les échantillons de dinde%; /, suivi de porc%; /, poulet %; /, et le boeuf%; / Un sous-ensemble d’échantillons de viande et de volaille%; a été contaminée par plusieurs souches uniques de S aureus comme déterminé par MLST et profils de susceptibilité, et un total d’isolats uniques ont été utilisés dans les analyses subséquentesNinety-six pour cent des isolats S aureus étaient résistants au moins antimicrobiens Trente-deux profils de susceptibilité uniques ont été identifiés Parmi les isolats de S aureus, nombreux sont ceux qui résistent à plusieurs classes d’antimicrobiens cliniquement importants. Résistance intermédiaire et complète à la tétracycline, à l’ampicilline, à la pénicilline et à l’érythromycine, mais aussi à d’autres antimicrobiens importants, dont quinupristine / dalfopristine, fluoroquinolones, oxacilline, daptomycine et vancomycine Figure La multirésistance, définie comme une résistance intermédiaire ou complète à plusieurs classes d’antimicrobiens, était courante parmi les isolats de S aureus% et plus fréquente parmi les isolats de S aureus provenant de dinde%; /, suivis de ceux du porc%; /, du boeuf %; /, et le poulet%; /

Figure Vue largeDownload slide Profils de résistance des isolats de S aureus collectés dans cette étude Gris, sensible; orange, résistance intermédiaire; rouge, résistance complète; noir, multirésistante ≥ classes antimicrobiennes; ERY, érythromycine; SYN, quinupristine / dalfopristine; CLI, clindamycine; RIF, rifampicine; SXT, triméthoprime / sulfaméthoxazole; OXA, oxacilline; DAP, daptomycine; LZD, linézolide; TET, tétracycline; AXO, ceftriaxone; VAN, vancomycine; GEN, gentamicine; PEN, pénicilline; AMP, ampicilline; GAT, gatifloxacine; LEV, lévofloxacine; CIP, ciprofloxacine; MDR, résistant à plusieurs classes d’antimicrobiensFigure View largeTélécharger la lameRésistance des isolats de S aureus recueillis dans cette étude Gris, sensible; orange, résistance intermédiaire; rouge, résistance complète; noir, multirésistante ≥ classes antimicrobiennes; ERY, érythromycine; SYN, quinupristine / dalfopristine; CLI, clindamycine; RIF, rifampicine; SXT, triméthoprime / sulfaméthoxazole; OXA, oxacilline; DAP, daptomycine; LZD, linézolide; TET, tétracycline; AXO, ceftriaxone; VAN, vancomycine; GEN, gentamicine; PEN, pénicilline; AMP, ampicilline; GAT, gatifloxacine; LEV, lévofloxacine; CIP, ciprofloxacine; MDR, résistant à plusieurs classes d’antimicrobiens Cinq types de séquences MLST uniques ont été identifiés parmi les isolats de S aureus, mais les types de séquences ST et ST ont dominé la collection en raison de leur prévalence élevée parmi les échantillons de poulet et de dindon. les échantillons de bœuf et de porc étaient respectivement ST% et ST%. Les isolats de SARM appartenaient aux types de séquences ST boeuf et dinde et ST porc

Figure View largeTélécharger le séquençage multicultures des isolats de S aureus d’origine alimentaire A Relations phylogénétiques et abondance relative des différents types de séquences identifiés parmi les échantillons de viande et de volaille au détail La surface des cercles est proportionnelle au nombre d’isolats constituant les différents types de séquence B Proportion relative des isolats de chaque type de viande et de volaille constitués des différents types de séquenceFigure View largeTélécharger une diapositiveTriage du multilocus des isolats de S aureus d’origine alimentaire A Relations phylogénétiques et abondance relative des différents types de séquences identifiés parmi les échantillons de viande et de la surface des cercles est proportionnelle au nombre d’isolats constituant les différents types de séquences B La proportion relative des isolats de chaque type de viande et de volaille constitués des différents types de séquences

DISCUSSION

Dans la présente étude, nous avons caractérisé la prévalence, les profils de susceptibilité aux antibiotiques et les génotypes de S aureus parmi les échantillons de viande et de volaille américains. S aureus a contaminé une proportion substantielle d’échantillons de tous les types de viande et de volaille. RésistantLes populations distinctes de S aureus sur chaque type de produit suggèrent que les aliments sont la source prédominante de contamination Alors qu’une partie des isolats de S aureus peut avoir été le résultat d’une contamination humaine, un patron uniforme de souches humaines n’a pas été observé. Les génotypes S aureus de la ferme au détail sont tenus d’identifier définitivement les sources de contamination par S aureus. Le SARM a été isolé à partir d’un échantillon de boeuf, dinde et porc. Notre échantillon était insuffisant pour estimer avec précision les taux de prévalence, mais nos données Étude basée aux États-Unis Des taux plus élevés de contamination par le SARM ont été estimés parmi les échantillons de viande et de volaille En revanche, les isolats de SARM des études alimentaires américaines actuelles et antérieures étaient des isolats ST et STAll ont été examinés contre des antibiotiques qui sont couramment utilisés pour traiter le SARM sévère. infections Nous avons identifié un isolat résistant à la vancomycine-intermédiaire et un isolat résistant à la daptomycine. La vancomycine, la daptomycine et leurs analogues n’ont jamais été approuvés pour la production d’animaux destinés à l’alimentation aux États-Unis; par conséquent, ces découvertes étaient inattendues et peuvent suggérer d’autres origines que les aliments pour animaux américains. Les isolats de S aureus résistants aux fluoroquinolones étaient particulièrement répandus chez les poulets. Les fluoroquinolones ont été utilisées dans la production américaine de poulets de chair, qui ont été sélectionnées pour les souches S aureus résistantes aux fluoroquinolones. aujourd’hui ; Nos données montrent que la viande et la volaille vendues au détail sont fréquemment contaminées par des S. aureus multirésistants, mais la pertinence de cette découverte pour la santé publique n’est pas claire. Des études européennes et nord-américaines ne sont pas claires. Les études ont étudié le risque de colonisation humaine et d’infection par S aureus à partir de viande et de produits de volaille L’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) a conclu que le risque d’infection à SARM la manipulation et la consommation d’aliments étaient faibles; Cependant, ceci était basé sur un petit nombre d’études En outre, l’EFSA n’a pas évalué le risque de S aureus multirésistante aux méthicillines, plus commun que SARM parmi les échantillons d’aliments. Concentrations concentrées d’aliments pour animaux Les CAFO fournissent toutes les composantes nécessaires pour l’émergence et la prolifération de pathogènes zoonotiques multirésistants Aux États-Unis, des milliards d’animaux sont élevés dans des CAFO à forte densité de population, où des antibiotiques sont régulièrement administrés aux animaux en bonne santé pendant de longues périodes [NARMS a montré que les espèces E coli et Enterococcus résistantes sont prévalentes chez les produits de viande et de volaille américains Nos résultats indiquent que S aureus multirésistante devrait être ajouté à la liste des agents pathogènes résistants aux antimicrobiens qui contaminent régulièrement notre approvisionnement alimentaire. Nous tenons à reconnaître les avantages scientifiques et logistiques. contributions de Jennifer Nibecker, de John Gillece, de Tricia O’Reilly, de Michael Bork et Laura M KoethAssistance financière Ce travail a été soutenu par une subvention des Pew Charitable Trusts Conflits d’intérêts potentiels L B P et A E W sont des consultants pour les Pew Charitable Trusts P S K est membre du conseil d’administration de PathoGene, LLC; est un consultant pour Febits, Inc; a reçu un soutien financier des National Institutes of Health; a un brevet auprès de l’Institut de recherche en génomique translationnelle; et détient des options sur actions dans Febits, Inc PathoGene est partiellement détenue par P S K et D M E Tous les autres auteurs: no conflicts